අතීතයේ සිටම රාජ්‍ය ලේඛනාගාරය භාර නිලධාරියෙකු සිටිය බවට ශ්‍රී ලංකා ඓතිහාසික වාර්තා සාක්ෂි දරයි. හේ මැක්ඩොවල්ගේ 19 වන ශතවර්ෂයට අයත් වාර්තාවට අනුව, 18 වන ශතවර්ෂයේ දී සහ 19වන ශතවර්ෂයේ පළමු දශකයේ දී, මහනුවර රාජ්‍ය මාළිගාවේ ලේඛනාගාරය භාරව "මහ මොහොට්ටි" (ප්‍රධාන ලේකම්) නමැති නිලධාරියෙකු සේවය කර ඇත.

ශ්‍රී ලංකාවට පැමිණි ප්‍රථම යුරෝපීය ජාතිය වන පෘතුගීසීහූ ශ්‍රී ලංකාවේ මුහුද බඩ ප්‍රදේශ ක්‍රි.ව. 1505 සිට 1638 දක්වා පාලනය කළහ. ඔවුහු තම පාලනය යටතේ පැවති මුහුදු බඩ ප්‍රදේශ ආශ්‍රිත දේශීය වාර්තා තබා ගත්හ. ලන්දේසීන් ක්‍රි.ව. 1640 දී පෘතුගීසීන් සතුව පැවති මුහුදු බඩ ප්‍රදේශ ආක්‍රමණය කළ අවස්ථාවේ දී, පෘතුගීසීන්ගේ බොහෝ ලේඛන පෘතුගීසීන් විසින්ම විනාශ කරන ලදී.

කෙසේ වුවද, ක්‍රි.ව. 1640 සිට 1796 දක්වා ශ්‍රී ලංකාවේ මුහුදු බඩ ප්‍රදේශ පාලනය කළ ලන්දේසීහූ ක්‍රමානුකූලව ලේඛනාගාරයක් පවත්වා ගැනීම පිළිබඳව ශ්‍රී ලංකාවට හඳුන්වා දුන්හ. ක්‍රි.ව. 1640 දී ගාල්ලේ පිහිටුවන ලද ලේඛනාගාරය ක්‍රි.ව. 1656 දී කොළඹට ගෙන එන ලදුව ක්‍රි.ව. 1796 දක්වා එහි පිහිටුවා තිබුණි.

ක්‍රි.ව. 1796 දී බ්‍රිතාන්‍යයන් විසින් ලන්දේසීන්ගෙන් මුහුදුබඩ ප්‍රදේශ අල්ලා ගැනීමෙන් පසුව ලේඛන සහ කළමනාකරණ අධිලේඛනය දියුනු කරන ලදී. බ්‍රිතාන්‍ය යුගයේ මුල් කාලයේ දී, රාජ්‍ය ලේඛන වල භාරකාරත්වය බ්‍රිතාන්‍ය පරිපාලනයට අයත් යටත් විජිත ලේකම් යටතේ විය. 1803 වර්ෂයේ දී "ලන්දේසි ලේඛන භාරකරු" වශයෙන් තනතුරක් ඇතිවිය.

1901 දී "ලේඛනාරක්ෂක" තනතුර ඇති කරන ලදුව, ලේඛනාගාරයේ කටයුතු කොළඹ පිහිටි ප්‍රධාන ලේකම් කාර්යාලය යටතට පත් කරන ලදී. 1947 දී "රාජ්‍ය ලේඛනාරක්ෂක දෙපාර්තමේන්තුව" පිහිටුවනු ලැබීය.

1966 ඔක්තෝබර් 01 දින "රාජ්‍ය ජාතික ලේඛනාරක්ෂක දෙපාර්තමේන්තුව" නමින් මෙම දෙපාර්තමේන්තුවේ නාමය වෙනස් විය. එසේම "රාජ්‍ය ලේඛනාරක්ෂක තනතුර නාමය "ජාතික ලේඛනාගාර අධ්‍යක්ෂ" යනුවෙන් වෙනස් කරන ලදී.

දෙවන ලෝක යුද්ධ සමයේ දී, එනම් 1942 දී, ආරක්ෂක හේතු මත ජාතික ලේඛනාගාරය කොළඹ සිට නුවරඑළියට ගෙන යන ලදී. අනතුරු ව 1962 දී ශ්‍රී ජයවර්ධනපුර විශ්ව විද්‍යාලයේ ශ්‍රී සුමංගල ගොඩනැගිල්ලට මෙම ලේඛනාගාරය ගෙන යනු ලැබීය. 1986 දී කොළඹ තුරඟ තරඟ පිටියේ දැනට ජාතික ලේඛනාගාරය පවත්නා ගොඩනැගිල්ලෙහි "ජාතික ලේඛනාගාර දෙපාර්තමේන්තුව" ස්ථාපනය කරනු ලැබීය. එම ගොඩනැගිල්ලට නව දිගුවක් එක්කර විවෘත කිරීම 2012 දෙසැම්බර් 18 සිදුවිය.

දැනට ජාතික ලේඛනාරක්ෂක දෙපාර්තමේන්තුව අධ්‍යාපන අමාත්‍යාංශයෙහි පරිපාලනය යටතේ පවතී. ජාතියේ මතක සටහන් රැකගන්නා ඥාන කෝෂ්ඨාගාරයක් ලෙස මෙම දෙපාර්ත‍මේන්තුව දැයේ උරුමය වන දරුවන් සඳහා දැනුම ලබා දෙමින් පොදු මහජනතාව සඳහා තොරතුරු මධ්‍යස්ථානයක් සහ අධ්‍යාපන ආයතනයක් ලෙස උපරිම සේවාවක් ඉටු කරනු ලබයි.