ශ්‍රී ලංකාවේ ලේඛනාගාර සම්ප්‍රදායට ප්‍රාදේශීය රජවරුන්ගේ පාලනය දක්වා දිවෙන දිගු ඉතිහාසයක් ඇත. කෙසේ වෙතත්, රජවරුන්ගේ රාජ්ය ලේඛනාගාරය වසර ගණනාවක් නොනැසී පැවතුනි. දහසයවන ශතවර්ෂයේ සිට දිවයිනේ කොටස් පෘතුගීසීන් විසින් අත්පත් කර ගත් අතර 1638 දී එවකට පෘතුගීසීන්ගේ පාලනය යටතේ පැවති වෙරළබඩ පළාත් වසර විස්සක කාලයක් ලන්දේසීන් විසින් අල්ලා ගන්නා ලදී. මෙම ක්‍රියාවලියේදී පෘතුගීසීන් ඔවුන්ගේ වාර්තා විනාශ කළහ. ලන්දේසි පරිපාලනය විසින් නිර්මාණය කරන ලද වාර්තා 1796 දී බ්‍රිතාන්‍යයන් විසින් වඩාත් සාමකාමී ලෙස වෙරළබඩ ප්‍රදේශය අත්පත් කර ගත් විට අත්පත් කර ගන්නා ලදී. මේ අනුව, ශ්‍රී ලංකාවේ ජාතික ලේඛනාගාරයේ පෘතුගීසි පාලනය පිළිබඳ කිසිදු ලේඛනයක් ඉතිරි වී නැති නමුත් ලිස්බන් සහ ගෝවා වලින් සොයාගත හැකිය.

වෙළුම් 7000 කට වඩා වැඩි ලන්දේසි වාර්තා වසර ගණනාවක් පුරා සංරක්ෂණය කර ඇත. බ්‍රිතාන්‍ය යටත් විජිත පාලන සමයේදී ලේඛනාගාරයේ වගකීම යටත් විජිත ලේකම් වෙත පැවරී ඇත. 1803 දී " Keeper of Dutch Records" තනතුර නිර්මාණය කරන ලදී. 1901 දී ප්‍රධාන ලේකම් කාර්යාලයේ කොටසක් ලෙස "ලේඛනාරක්ෂක" නිල තනතුරක් නිර්මාණය කරන ලද අතර, ශ්‍රී ලංකාවට ඩොමීනියන් තත්ත්වය ලැබෙන තෙක් සහ රජයේ ලේඛනාරක්ෂක දෙපාර්තමේන්තුව නිර්මාණය කරන තෙක් වාර්තා එහි ලේඛනාගාර අංශයේ පැවතුනි.

1966 දී එය ජාතික ලේඛනාරක්ෂක දෙපාර්තමේන්තුව ලෙස නම් කරන ලද අතර ලේඛනාරක්ෂක තනතුර අධ්‍යක්ෂ ලෙස වෙනස් කරන ලදී. 2017 දී දෙපාර්තමේන්තුව ප්‍රතිව්‍යුහගත කිරීමෙන් පසු එම තනතුර අධ්‍යක්ෂ ජනරාල් ලෙස වෙනස් විය. යුද්ධයේ තර්ජන සහ අවකාශයේ අවශ්‍යතාවය හේතුවෙන් ලේඛනාගාරය වසර ගණනාවක් පුරා ස්තාන වෙනස් කර ඇත. ලේඛනාගාරයේ ප්‍රධාන කොටසක් 1942 සිට 1962 දක්වා නුවරඑළියේ ද ඉන් අනතුරුව 1962 සිට 1970 දක්වා විද්‍යෝදය විශ්වවිද්‍යාලයේ ද තැන්පත් කර ඇත. 1983 වසරේ ආරම්භ වූ මෙම දෙපාර්තමේන්තුවේ ශාඛාවක් මහනුවර දලදා මාලිගාව පිටුපස ඇත.

කොළඹ 7 ප්‍රධාන කාර්යාලයේ ප්‍රධාන ගොඩනැගිල්ල 1986 දී නිම කරන ලදී. කොළඹ ප්‍රධාන කාර්යාලය දක්වා දිගුවක් 2012 දෙසැම්බර් මාසයේදී විවෘත කරන ලදී. ජාතික චිත්‍රපට, රූපවාහිනී සහ චිත්‍රපට ලේඛනාගාරය 2014 අප්‍රේල් මාසයේදී නව ගොඩනැගිල්ලේ පිහිටුවන ලදී.